1998年1月14日，浙江绿城足球俱乐部有限公司正式成立，曾乐明任总经理。由浙江绿城房地产公司发起，杭州钱塘房地产公司、浙江大学和浙江省足球协会参与组建，注册资金1600万元。
1999年，绿城正式组建一线队，并参加了1999中国足球乙级联赛。共23名队员，包瀛福出任主教练。2000年，连续三年冲甲失败的俱乐部斥资购买了延边一队，从而获得了次年甲B联赛的参赛资格。
2001年，作为“甲B五鼠”之一，遭到中国足协处罚。3月24日，绿魂球迷协会首次在黄龙东三看台亮相。绿城足球队因赞助商因素更名为“浙江三花绿城队”。2002年首次闯入中国足协杯四强，创造了浙江足球史上的最好成绩。2003年末代甲B划上句号后，绿城任期最长的主教练王政上任。
2004年，成为中国足球甲级联赛创始球队之一。绿城足球队更换赞助商，更名为“浙江巴贝绿城队”。俱乐部迁入全新投入的绿城中泰足球训练基地。2005年绿城青年队教练王仕海成为历史上首位国字号教练，出任U-17国青队教练。
2006年，承办中甲联赛开幕式，足协杯再次跻身四强，中甲取得亚军并升上中超联赛。2007年3月3日主场迎战青岛中能是队史上首场中超赛事，最终获得了第11名。
2008年，在经历两个无转播赛季后，球迷再次通过电视看到了球队的比赛转播。2009年为了让球队有更多的归属感，更名为杭州绿城，最后获得联赛第15名，降级至中甲联赛。
2010年2月初，因足坛反赌增补被降级的成都和广州队重回中超。绿城足球队冠名为“杭州诺贝尔绿城队”。在赛季前的转会中在内援上连续引进了杜威、荣昊、汪嵩、李彦、孙吉五大新老国脚，而在外援方面也是买来了2009年的中超金靴拉米雷斯以及两名洪都拉斯国脚萨比勇和帕拉西奥斯，从赛季初的5轮不胜仅积2分，到赛季中的5连胜、再到6轮不胜，然后在联赛最后一轮锁定前四，历史性地冲入亚足联冠军联赛。
2011年，为确保第八届全国残疾人运动会筹备工作顺利进行，杭州黄龙体育中心拒绝承办杭州绿城的联赛比赛，球队的中超联赛主场赛事全部迁至义乌与嘉兴。
2011年10月，中超联赛第27轮杭州绿城主场与江苏舜天的比赛前，杭州绿城老板宣布由杜威、孙吉、汪嵩、矫喆、姜波、曹轩以及吴伟共7名球员组成队委会指挥余下的四场联赛，以主教练吴金贵为首的教练组被架空权力，吴金贵仍是球队的主教练，但由队委会管理球队，排兵布阵、指挥比赛都由队委会全权负责。由球员直接指挥比赛，杭州绿城开创中国以至世界足坛的先河。
2011年12月24日，前日本国家队主教练冈田武史正式入主绿城，成为绿城队史第一位日籍主教练。2012年6月17日，贵州人和5比0击败杭州绿城，绿城创造中超最大比分失利纪录[5]。
2014年12月2日，前日本国家队主教练特鲁西埃正式入主绿城，成为绿城队史第一位法籍主教练[6]。2015年12月17日，前韩国国家队主教练洪明甫正式入主绿城，成为绿城队史第一位韩籍主教练，但是在2016赛季，杭州绿城排名倒数第二，降级至中甲联赛。
2018年1月14日，俱乐部为庆祝俱乐部成立20周年，在20周年庆典上正式更名为“浙江绿城”。[7]同一季绿城长期排名积分榜第二，但最后一轮被梅州客家击败，积分榜排名降到第三，未能成功晋级中超。
2020年9月11日，浙江能源集团与绿城集团联合召开新闻发布会。会上，浙能集团宣布入股俱乐部50%股份加入浙江绿城足球俱乐部，成为俱乐部第二大股东。2020年9月11日，球队名称改为“浙江能源绿城足球俱乐部”[8]，原球队投资者宋卫平退出球队管理。同赛季浙江绿城足球队成功晋级中超组并参加升级附加赛，但最后以总比分2-3败北，无缘中超。
2021年2月26日，球队发布公告：“根据中国足协《关于各级职业联赛实行俱乐部名称非企业化变更的通知》文件要求，经多轮筛选和研讨，并报由省相关部门和中国足协审核、批准，即日起，‘浙江能源绿城足球俱乐部有限公司’正式更名为‘浙江职业足球俱乐部有限公司’。”[9][10]。本赛季浙江队以中甲季军收尾，并在附加赛中以1-0的总比分击败中超“副班长”青岛足球俱乐部，重返中超。
2022年12月31日，浙江队迎来中超赛季收官战，以4-0击败来访的武汉长江，这场胜利让浙江队以65个积分成为2022赛季的中超季军，不仅创造了队史最好成绩，也时隔12年重回亚洲赛场。
2023年8月22日，2023/24亚足联冠军联赛附加赛主场1-0战胜泰港队，晋级亚冠联赛正赛。
2023年11月4日，浙江队在客场2-1逆转绝杀上海申花，积分榜反超对手取得2023赛季中超季军，获得亚冠联赛二级联赛的参赛资格，连续两个赛季取得亚冠联赛资格，同时创造了中超15轮不败的战绩。
2024年9月30日，杭州市商贸旅游集团有限公司入股俱乐部60%股份，与持股40%的浙江省能源集团共同出资运营俱乐部，投资了浙江职业足球26年的绿城集团彻底退出。11月2日，随着浙江队客场2-2战平长春亚泰最终以11胜5平14负积38分获得2024赛季中超第7名[11]。12月5日，亚冠二级联赛第6轮，浙江队客场4:3佩西比万隆，获队史亚冠客场首胜，最终以3胜3负排名小组第三，无缘晋级淘汰赛[12]。
2025赛季，浙江队的前大股东绿城中国成为球队冠名商。
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